El MPS se organiza a partir de colectivos de base territorial: organizaciones barriales, cooperativas, sindicatos, organizaciones sociales, o vecinos y vecinas que se agrupan para participar.
Su administración se realiza a través de comisiones de trabajo formado por integrantes de dichos colectivos con la coordinación de una mesa coordinadora
El funcionamiento del MPS y los principios que los rigen se deciden en instancias horizontales donde participan todas las personas que integran el mercado o los referentes de los grupos de compra. Estas instancias son los regionales y federales (de frecuencia mensual) y los plenarios anuales.
Los grupos de compras están organizados en regiones: este, norte, sureste, sur.